27.3: 动物系统发育
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系统发育理解的现代进步来自分子分析
进化生物学家一直在争论和完善系统发育分组。 每年，都会出现新的证据，这些证据进一步改变了系统发育树图所描述的关系。
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观看以下视频，了解生物学家如何使用遗传数据来确定生物之间的关系。
核酸和蛋白质分析为现代系统发育动物树提供了重要信息。 这些数据来自各种分子来源，例如线粒体DNA、核DNA、核糖体RNA（rRNA）和某些细胞蛋白。 由于分子证据，现代树中的许多进化关系直到最近才被确定。 例如，以前分类的一组名为 lophophorates 的动物，包括腕足动物和 bryozoans，长期以来一直被认为是原始的 deuterostomes。 使用 rRNA 数据进行的广泛分子分析发现，这些动物是原生动物，与环节动物和软体动物的关系更为密切。 这一发现允许区分原生石进化枝 lophotrochozoans。 分子数据也揭示了 lophotrochozoan 组内部的一些差异，一些科学家认为，该组中的 phyla Platyhelminthes 和 Rotifera 实际上应该属于他们自己的名为 Platyzoa 的原生体群体。
分子研究与区分 lophotrochozoan 进化枝的发现类似，也揭示了软体动物、环节动物、节肢动物和线虫之间的关系发生了戏剧性的重排，并形成了一个新的 ecdysozoan 进化枝。 由于环节动物和节肢动物的分段体型在形态上相似，曾经被认为是密切相关的。 但是，分子证据表明，节肢动物实际上与线虫的关系更为密切，线虫现在包括 ecdysozoan 进化枝，而环节动物与 lophotrochoan 进化枝中的软体动物、腕足动物和其他门的关系更为密切。 这两个进化枝现在构成了原生体。
由于分子分析，以前的系统发育分组的另一个变化包括出现了一种名为 Acoelomorpha 的全新蠕虫 phylum。 长期以来，人们一直认为这些 acoel 扁虫属于 phylum Platyhelminthes，因为它们的 “扁虫” 形态相似。 但是，分子分析显示这是一种错误的关系，最初暗示acoels代表了一些最早的分歧双边人的活物种。 最近对 acoelomorphs 的研究使这一假设受到质疑，并表明与 deuterostomes 有更紧密的关系。 这种新 phylum 的放置仍然存在争议，但科学家们一致认为，只要有足够的分子数据，它们的真正系统发育就会确定。